Le génome chloroplastique (plastome) d’Euphorbia resinifera a été séquencé à partir de l’ADN extrait de 5-10 épines stipulaires (correspondant à environ 20 mg de tissu congelé) de ses tiges tétragones (rarement trigones) pour éviter d’endommager les euphorbes par la coupe des tiges.
Les banques d’ADN, préparées avec le kit NEBNext Ultra II FS DNA Library Prep (New England Biolabs), ont été séquencées sur une plateforme Illumina NovaSeq 6000 (cellule de flux S2). Après un nettoyage des séquences brutes via Trimmomatic (v0.39) et un contrôle qualité par FastQC (v0.12.1), le plastome a été assemblé de novo avec le logiciel NOVOPlasty (v4.3.5), en utilisant le gène rbcL d’Euphorbia ampliphylla comme amorce. Cet assemblage a été validé de manière comparative à l'aide de GetOrganelle (v1.7.7.0).
L’annotation et l’analyse génomique ont été réalisées via GeSeq (v2.03) et CPGAVAS2, tandis qu’OGDRAW a permis de générer la carte circulaire standardisée du génome.
Le plastome complet d’Euphorbia resinifera est une molécule d’ADN circulaire de 163 065 paires de bases (pb) présentant une teneur en guanine-cytosine (GC) de 35,11 % et 96 loci SSR (Simple Sequence Repeat). Il possède la structure quadripartite typique des Angiospermes, composée d’une grande région à copie unique (LSC) de 91 462 pb (32,06 % GC), d’une petite région à copie unique (SSC) de 18 285 pb (29,13 % GC) et de deux répétitions inversées (IR) de 26 659 pb chacune (42,39 % GC). L'analyse détaille également le nombre, la nature des motifs et la distribution de ces SSR, marqueurs clés de la diversité génétique.
Le génome totalise 132 gènes annotés, incluant 87 gènes codant pour des protéines, 37 gènes d’ARNt et 8 gènes d’ARNr, répartis à raison de 82 gènes dans la région LSC, 12 dans la SSC et 19 dans chaque région IR.
Cette étude fournit le premier génome chloroplastique séquencé parmi les trois espèces d’euphorbes cactiformes endémiques du Maroc.
Réf. Taha A., Rabeh K., Lamara M., et al., 2026 - Complete chloroplast genome of Euphorbia resinifera: overcoming biogeographical bias in phylogenetic inference and establishing a conservation genomics framework for threatened North-West African cactiform species. Front. Plant Sci. 17:1785579. doi: 10.3389/fpls.2026.1785579
Posté par Jean-Paul Peltier.